慢性扁桃体炎一般是由急性扁桃体炎反复发作引起的慢性炎症，儿童为高发人群，患者常有急性扁桃体炎发作史和咽部痛感。
慢性扁桃体炎反复发作和发生并发症，是由于细菌及分泌物长期积存于扁桃体窝内所导致，隐窝内的抗原微生物与扁桃体长期接触，导致细菌性变态反应以及内源性变应原的形成，这样就可以引起复合的变态反应。
慢性扁桃体炎患者常有急性扁桃体炎反复发作病史，发作时常有咽痛；发作间歇期症状减轻，可有咽内发干、发痒、异物感、刺激性咳嗽等轻微症状，小儿患者还可能造成扁桃体过度肥大，导致呼吸不畅、睡眠打鼾、吞咽或言语共鸣障碍。由于隐窝脓栓被咽下，还会刺激胃肠，或隐窝内细菌、毒素等被吸收引起全身反应，导致消化不良、头痛、乏力、低热等症状。
