HPV的筛查方法通常包括体格筛查、实验室筛查、病理筛查等。
一般是由专业的医生进行操作，包括视诊和触诊。视诊主要通过观察病灶的大小、颜色、形状、位置来判断是否为HPV感染引起的疣。触诊是指通过触摸病灶表面及按压来判断病灶是否光滑及有无压痛及出血，初步鉴别病灶的良恶性。
包括醋酸白试验、PCR技术等。醋酸白试验是指在外阴皮肤上用3%醋酸涂抹或敷贴，3~5分钟后，如皮肤发白，则为阳性，提示可能为HPV感染所致的尖锐湿疣。PCR技术是通过用刷子刷取宫颈表面的脱落细胞、棉拭子刷取疣体表面的细胞及部分疣体组织等，通过PCR扩增技术对HPV进行病毒DNA检测。
通过采集病变组织，在显微镜下观察微观结构，可明确病变性质，用于明确各种HPV感染所致的疾病。
除上述筛查方法外，内镜筛查等方法也可以起到筛查HPV的作用。
