沙眼可有急性期和慢性期，不同时期症状不同。
沙眼急性期症状包括畏光、流泪、异物感、较多黏液或黏液脓性分泌物，可出现眼睑红肿，结膜明显充血，乳头增生，上下穹窿部结膜满布滤泡，可合并弥漫性角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。
沙眼慢性期无明显不适，仅眼痒、异物感、干燥及烧灼感。结膜充血减轻，结膜肥厚，同时有乳头和滤泡增生，上睑明显，结膜逐渐疤痕化，可出现角膜血管翳。晚期发生睑内翻与倒睫，上睑下垂、角膜混浊、实质性结膜干燥症、慢性泪囊炎等并发症，可严重影响视力，甚至失明。
