传染性软疣的治疗包括药物治疗、物理治疗和手术治疗。
局部涂抹斑螫素软膏、西多福韦软膏、5-氟尿嘧啶软膏等药物治疗，对部分患者的治疗效果比较好。全身多处出现传染性软疣病灶时，可以考虑全身使用西多福韦进行治疗。
比较小的病灶可以做液氮冷冻治疗。耐痛能力比较强的患者，可以做电灼治疗。病灶比较大时，可以做热透治疗。
常规消毒病灶部位的皮肤，使用医用镊子或夹子直接将传染性软疣的病灶夹除，再使用聚维酮碘消毒。或者也可以直接使用手术刀将病灶切除。
