睾丸扭转术后萎缩是否需要二次手术摘除要分情况而论。
早期外科复位能够显著减少睾丸萎缩发生，从发病至复位时间超过6小时，以及术中探查睾丸扭转角度超过360°的患者，其术后睾丸萎缩率明显增加。若病程超过24小时或扭转角度超过540°、则术后均会出现睾丸萎缩。
这不能说明6小时之内复位的睾丸扭转患者是绝对安全的。睾丸扭转后睾丸曲细精管变化明显。扭转2小时后，生精上皮层次减少、细胞排列紊乱，上皮出现自溶倾向。
随着时间的逐渐延长（超过6小时），曲细精管会逐步出现明显的病理改变，包括形成大量钙化灶、生精上皮多呈现出部分Sertoli细胞综合征和完全Sertoli细胞综合征现象、部分小管凝固性坏死、曲细精管结构消失、Kydig细胞肥厚增生、淋巴细胞大量浸润等。故可考虑切除。
当术中明确睾丸已坏死或估计扭转保留后继发萎缩可能性较大时，以切除为优；对于未发育的患儿，由于保留固定术后即使发生患侧睾丸继发性萎缩，外分泌功能丧失，也不会影响对侧睾丸的功能，并且还可能保存有分泌激素的功能。故不应该因存在自身免疫反应而行预防性切除。
