角膜干燥斑主要是体内缺乏维生素A而引起，其病因包括饮食不当、消化系统疾病、消耗性疾病、甲状腺功能低下和糖尿病、锌缺乏等。
婴儿刚出生的时候，身体里面储存的维生素A非常的少，所以一出生就容易被消耗完。如果婴儿出生后，母乳喂养不足，加上没有额外给予辅食等，都可导致婴儿体内缺乏维生素A，从而引起角膜干燥斑。
如果患儿存在长期腹泻以及痢疾等疾病，都可影响对机体对营养物质的吸收，从而导致身体缺乏维生素A。另外维生素A等物质需要通过肝脏代谢和储存，所以当肝胆系统出现问题，如先天性胆道闭锁、慢性肝炎等，也可引起维生素A缺乏症，从而引起角膜干燥斑。
如果患儿身体存在某些慢性消耗性疾病，可导致身体对于维生素A等营养物质消耗较多，加上摄入不足就容易引起维生素A缺乏而导致角膜干燥斑，常见疾病有迁延性肺炎、麻疹等。
这两种疾病，都可阻塞机体内的胡萝卜素转变为视黄醇，引起体内的维生素A缺乏，从而引起角膜干燥斑。血液和皮肤累积大量的胡萝卜素，而发黄。
体内锌缺乏，可导致锌元素和维生素A结合的前白蛋白、维生素A还原酶降低，这种情况可导致维生素A还没有被机体利用就排出体外，也可引起维生素A缺乏症，从而引起角膜干燥斑。
