甲状腺素分泌低下提示甲状腺功能减退，有很多原因，需要根据不同的病因进行相应的治疗。
最常见的是自身免疫性甲状腺炎，如桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。因为自身免疫功能的异常机体会产生抗体破坏甲状腺细胞，导致甲状腺功能减退。对于这种情况需要使用糖皮质激素、环磷酰胺、硫唑嘌呤等药物抑制自身免疫功能。
甲状腺破坏包括甲状腺手术、放射性碘治疗、颈部放疗等，这种损伤多是不可逆的。因为甲状腺细胞属于稳定细胞，破坏后不能完全再生，也会出现甲状腺素分泌低下即甲状腺功能减退，需要长期性补充甲状腺素。
如治疗甲状腺功能亢进的硫脲类药物，治疗肝炎的干扰素，某些治疗精神疾病的药物如锂盐，还有胺碘酮、酪氨酸激酶抑制剂。这些药物会干扰甲状腺素的合成，导致甲状腺素分泌低下即甲状腺功能减退。需要停止服用可疑的药物，定期复查甲状腺功能。
如垂体的肿瘤、淋巴细胞性垂体炎等。因为垂体病变不能正常合成和释放促甲状腺激素，导致甲状腺素分泌低下即甲状腺功能减退。需要积极治疗原发垂体疾病，必要时补充甲状腺素片。
碘是合成甲状腺素的原料，碘过少或过多都可能会导致甲状腺功能减退。调整碘的摄入量，一段时间后甲状腺素分泌可恢复正常。
