新生儿肠炎常见的症状是腹泻，会表现为大便次数增多、稀便。同时会伴有脓血便、腹胀、恶心、吐奶等异常情况。也可能会因为腹部疼痛而表现为哭闹、睡眠差等。
如果新生儿肠炎的症状比较严重，或者发生以后没有及时干预出现脱水，也可导致小便减少、皮肤干燥以及眼窝深陷等脱水现象。
由于新生儿肠道壁的通透性比较大，出现感染时病原体可能会通过肠道壁吸收进入血液，导致败血症。其症状表现为身体发热、食欲减退、嗜睡、体重不增、黄疸加重等，严重时也可能会引起感染性休克。
