杯状耳是一种先天性畸形，多在出生时即存在，后天形成的病例则比较少。
杯状耳发病原因一般认为是母体在怀孕早期经历过异常事件，如精神刺激、病毒感染、服药、化学辐射或环境污染等。但临床的研究表明没有一种因素起主导作用。亲属中复发的概率为5%，也就是说基本上不会遗传。
杯状耳的预防措施有，对有生育能力的妇女普及有关知识，注意孕期营养成分的合理分配。若出现孕吐及偏食情况，及时补充维生素及钙、铁、磷等矿物质。关注孕妇精神状态，使其保持愉快平和的心情。尽量避免孕妇出现病毒性疾病，患病后禁用可能导致胎儿畸形的药物等。
