CT诊断因为其特殊的诊断价值，已广泛应用于临床。但是，在了解其优点的基础上，必须合理地选择应用。
CT可应用于以下各系统疾病的诊断：中枢神经系统疾病的诊断CT价值高，应用普遍。对脓肿和肉芽肿、寄生虫病、颅内肿瘤、缺血性脑梗塞和脑出血、外伤性血肿和脑损伤、椎管内肿瘤和椎间盘突出等诊断效果良好，诊断比较可靠。螺旋CT可以获得较为细腻清晰的血管重组图像，即CTA，可以进行三维实时显示，临床应用越来越广泛。
头颈部疾病的诊断CT也很有价值。例如早期鼻窦癌、耳朵先天发育异常、眼眶占位病变、听觉骨破坏和脱臼、中耳胆脂瘤、内耳骨迷路的轻微破坏、鼻咽癌的早期发现等。如果病变明显，X线平片可以确诊，但CT检查可以观察病变的细节。所以CT的临床应用很普遍，也很有优越性。
