一般情况下，女性生殖道微生态检测清洁度是指阴道清洁度，Ⅱ度与Ⅲ度的区别如下：
阴道清洁度通常是指检测阴道分泌物中细菌和细胞的种类和数量，根据其检测结果，判断有无阴道炎症的一个检测指标。阴道中本身就存在着阴道菌落，各个类型的细菌和细胞相互制约，保持在一个相对平衡的状态，如果此平衡被打破，则易引发阴道炎症。
阴道清洁度共分为4个度，其中Ⅰ度和Ⅱ度意味着正常，而Ⅲ度和Ⅳ度意味着异常，故Ⅱ度与Ⅲ度的区别主要就是正常、异常之分。Ⅱ度检查结果多为阴道杆菌和上皮细胞，Ⅲ度检查结果多为滴虫、真菌、革兰氏阴性杆菌等，且白细胞上升，表示已经患有阴道炎。
根据检测结果，可判断主要致病菌，并拟定相应的治疗计划。比如滴虫性阴道炎常在医生的建议下使用甲硝唑片、替硝唑片等药物；细菌性阴道炎可在医生的建议下使用甲硝唑片、克林霉素磷酸酯片等药物。
