小肠肿瘤一旦确诊之后，应尽早采取手术治疗。
较小的良性肿瘤、带蒂良性肿瘤可行连带周围肠组织做局部切除，对于较大的良性肿瘤，一般行部分肠切除术。
若为恶性的肿瘤，通常需连带肠系膜以及区域的淋巴结，做根治性的肠切除术。若肿瘤已经侵犯周围组织，且固定不能切除时，则可进行肿瘤近远端肠袢的侧吻合术，以解除梗阻。
小肠肿瘤患者需长期持续治疗，良性的小肠肿瘤在切除后，仍可复发。而恶性的小肠肿瘤，在切除后则可复发或转移，故而患者需长期治疗。
