扁桃体结石的病因有慢性扁桃体炎、口腔卫生差、高龄等。
扁桃体长期慢性炎症刺激，使扁桃体隐窝口堵塞，随之脱落的黏膜上皮、死亡的细菌、食物残渣、分泌物等聚集在扁桃体隐窝处，形成潴留囊肿，后涎腺分泌的钙盐再次沉积或组织发生退行性钙化，从而会长扁桃体结石。慢性扁桃体炎急性发作时如果形成扁桃体周围脓肿，发生组织坏死钙化或涎腺导管淤滞，也会长扁桃体结石。
不注意口腔卫生，导致食物残渣聚集、厌氧菌增生，会增加长扁桃体结石的风险。
年龄较大，自身免疫力或口腔免疫力均可下降，也会增加长扁桃体结石的风险。
扁桃体结石较小时，一般无明显症状，随着结石增大，可出现咽部异物感、咽痛、咽痒、咳嗽、口臭等症状，应尽早就医。小的结石可用镊子直接取出，较大结石可行扁桃体切除术治疗。日常生活中应注意清淡饮食，注意口腔卫生。
