肌张力障碍分为原发性肌张力障碍和继发性肌张力障碍，其中原发性肌张力障碍可以因为遗传因素导致，为常染色体显性或隐性遗传病，比如原发性扭转痉挛、多巴反应性肌张力障碍、肌张力障碍-帕金森综合征等都是因为遗传基因的改变引起的。此外创伤也可能诱发基因变异携带者出现肌张力障碍。
而继发性肌张力障碍大多是因为在纹状体、丘脑、脑干网状结构等存在病变，比如肝豆状核变性、神经节苷脂沉积症、进行性核上性眼肌麻痹等。另外像甲状腺旁腺功能低下、脑外伤、脑炎、中毒等也可以诱发。
