胰腺囊肿在临床上较好治疗，根据囊肿类型、大小、特征以及是否引起症状来制定相应的治疗方案。
外科手术是根治胰腺囊肿的唯一方法，但只有对于怀疑恶性的胰腺囊肿或特别大的囊肿出现了明显症状时才需要进行手术。对于较小的胰腺假性囊肿，无临床症状，以及恶变率极低的病变类型，一般以密切观察为主，不需要手术治疗。
对于胰腺假性囊肿形成超过3个月，直径超过6cm无法缩小的，会引起压迫胃的症状，此时可以考虑囊肿、胃或小肠内引流手术治疗；对于胰腺真性囊肿当直径超过3cm或长期存在恶变可能，则主张手术治疗。
