肚脐眼流脓一般是不可以自愈的。
肚脐眼流脓说明出现了肚脐部位的感染，而且感染已经比较严重了，这种情况一般是不可以自愈的，需要及时地去医院的外科就诊，应该在医生的指导下进行处理。首先可以使用碘伏擦拭肚脐眼而清除脓液，然后再在肚脐眼的部位使用一些消炎的药物，必要的时候还可以口服消炎药物。
肚脐眼流脓以后应该注意肚脐眼部位的卫生情况，不要洗澡沾水，应该在医生的指导下，积极地换药治疗。如果效果不好，必要的时候，还可以通过切开引流的方式来治疗。
