新生儿红斑狼疮需根据病情的轻重程度进行个体化治疗，主要包括药物治疗、加强护理、定期复查等。
单纯表现为皮肤症状，不引起循环系统、呼吸系统、肾脏病变的新生儿红斑狼疮一般不需要药物治疗。除了皮肤病变以外还出现呼吸系统、循环系统或者肾脏受累的临床症状时，需要在医生的指导下使用泼尼松等糖皮质激素或环磷酰胺等免疫抑制剂治疗。但这些药物会影响小儿的生长发育，所以需要谨慎选择。
加强对患儿的护理，避免过度照射日光；在任何情况下都避免随意给孩子服用药物；注意保暖，避免受凉；避免孩子与患有传染性疾病的人群密切接触。
不论是随访观察，还是进行药物治疗期间，均应该定期带孩子到医院复查。
