扁桃体与舌根连接处疼可能是急性咽炎、扁桃体炎、舌咽神经痛等疾病的临床表现，具体原因如下：
急性咽炎多由病毒感染导致，炎症波及扁桃体与舌根连接处黏膜时，导致此处黏膜充血、肿胀，伸舌或咀嚼舌体活动时会出现扁桃体与舌根连接处疼的表现。可选用中成药抗病毒药物如金银花颗粒、蒲地蓝口服液等；复方硼砂溶液、复方氯己定含漱液漱口抑制口腔病原微生物。同时注意清淡饮食，多饮水，注意休息。
扁桃体受到细菌或病毒入侵后导致扁桃体发生炎症反应，局部可表现为扁桃体充血、肿胀，扁桃体炎症可波及舌腭弓、舌根及咽腭弓，出现扁桃体与舌根连接处疼的症状。需要使用阿莫西林克拉维酸钾或头孢克肟治疗，严重者可静脉输注青霉素、头孢西丁等药物；还可配合蒲地蓝消炎口服液、清咽利喉颗粒等清热解毒作用的药物治疗。
舌咽神经痛是不明原因导致舌咽神经的感觉分布范围，如单侧舌根、扁桃体、耳根等处出现的突发疼痛，疼痛时间较短，一般不超过2分钟，有时可表现为扁桃体与舌根连接处疼。一般选用普瑞巴林等药物减轻疼痛；药物治疗效果不佳的时候，可使用手术治疗，如显微血管减压术等。
