扁桃体隐窝结石治疗方法有药物治疗、局部治疗、手术治疗等。
保守治疗优先选择药物治疗，常用药物如阿莫西林、头孢克肟等；还可通过复方氯己定含漱液、呋喃西林溶液漱口；西地碘含片含化抑制细菌生长。
局部治疗包括局部涂药、隐窝灌洗、物理治疗等方式。局部常涂药物包括西瓜霜喷剂、开喉剑喷雾剂等，可减轻局部炎症，从而减少扁桃体隐窝结石。隐窝灌洗主要是应用注射器，折断尖端后，插入扁桃体隐窝，用抗生素、激素、生理盐水冲洗，因咽反射敏感，且药物治疗效果较好，故冲洗已较少使用。物理治疗包括激光、微波疗法，主要通过物理治疗减轻局部炎症反应。
因扁桃体隐窝结石长期存在易导致其他并发症，如心肌炎、风湿性关节炎、风湿热等疾病，所以药物治疗无效或经治疗后又反复出现扁桃体隐窝结石，可考虑行扁桃体切除手术。
