支原体和衣原体感染的危害，主要是会引起感染部位的局部炎症。如果感染生殖器官，有可能会影响生育等。
如果支原体或者衣原体感染呼吸道，就会引起呼吸道炎症。首先表现为上呼吸道炎症，如果不及时治疗。病情进一步发展，就可能会引起下呼吸道炎，比如引起支原体肺炎或者衣原体肺炎等。
如果支原体或者衣原体感染泌尿系统，首先会引起尿道炎。如果不及时治疗，病情进一步发展，病原体上行性感染。女性有可能会引起宫颈炎、子宫内膜炎和附件炎等。慢性附件炎就容易引起输卵管粘连或者堵塞，影响怀孕。男性尿道炎不治疗，有可能引起输精管炎症等，影响生育功能。严重的甚至有可能导致不育等。
不管是男性还是女性，确诊身体任何部位感染支原体或者衣原体后，都需要积极配合医生使用敏感抗生素，比如大环内酯类抗生素阿奇霉素和左氧氟沙星等药物消炎治疗。
