打完第三针疫苗针眼疼，有可能是伤口疼痛，也可能是疫苗反应引起的疼痛，还可能是针眼处发生感染引起的疼痛等。
有些人对疼痛比较敏感，打完第三针疫苗后，就比较容易感觉到针眼处有疼痛症状。一般不需要特殊处理，大概2~3天左右，针眼处的伤口就会愈合痊愈，疼痛感就会消失。
有些疫苗中含有一种吸附剂，比如新冠疫苗和百白破疫苗等，打完第三针后，如果疫苗中的吸附剂没有及时被完全吸收，就可能引起注射部位出现红肿和疼痛症状。同时还可能会伴有硬块或者硬结等情况，需要局部热敷，或者使用硫酸镁热敷，促进疫苗成分尽快吸收，缓解疼痛症状。
有些人打完第三针疫苗后，如果不注意做好局部清洁卫生，引起针眼处感染后，也会出现疼痛。如果不是太严重，可以局部使用碘伏或者75%酒精消毒处理。如果比较严重，需要遵医嘱服用头孢类抗生素或者青霉素类抗生素进行消炎治疗。
当下，群众注射新冠疫苗是自愿的。因为新冠疫苗不是国家层面规定的免疫规划疫苗，它属于非免疫规划疫苗，接种原则是知情、同意、自愿。因此，广大群众可以根据自己的身体状况自愿接种。
