新冠一般指新型冠状病毒感染，咽疼、发烧可能是新型冠状病毒感染引起的病变表现，也可能是咽喉炎、扁桃体炎等疾病引起的病情。
如果患者去过中高风险地区，与无症状感染者或者新型冠状病毒感染患者进行过密切接触，就可能被新型冠状病毒感染引起病情发作，就可能引起患者出现咽疼、发烧、头痛、鼻塞、流鼻涕、腹泻、嗅觉改变、结膜炎、肌肉酸痛等症状。但是咽疼、发烧，并不是新型冠状病毒感染特有的指征，不能根据症状进行疾病的诊断。需要进行核酸检测、胸部CT检查等，才可以明确诊断。
在患者身体免疫功能下降时，细菌、病毒等各种病原体侵犯咽喉引起局部出现炎症性病变，就可能引起咽疼、发烧、咳嗽等症状。
细菌、病毒等病原体在扁桃体部位滋生引起局部出现炎性病变，就可能出现咽疼、发烧、呼吸困难等症状。
