激光去疣可以把大部分的病毒去除，但不能完全去除。
引起疣的病毒主要是人乳头瘤病毒，这种病毒具有侵犯上皮细胞的特性，主要寄居在疣体内部，不侵入血液循环。使用激光去疣，一方面通过激光产生的高温作用将局部的人乳头瘤病毒杀灭，另一方面随着疣体坏死、脱落，寄居在疣体内的人乳头瘤病毒也随着疣体脱落而脱离人体。所以，激光去疣可以把大部分的病毒去除。
引起疣的病毒除了寄居在疣体内部以外，还有可能存活在疣体以下的组织细胞中，激光产生的高温作用虽然可以杀灭一部分病毒，但并不能达到完全杀灭的效果，治疗结束后残留的病毒会继续增生、繁殖，所以不能完全去除病毒。
激光治疗疣一般只能起到暂时去除疣体的作用，很难完全治愈。激光去除疣体后可坚持使用一段时间的重组人干扰素α2b凝胶治疗，通过调节局部免疫功能及抑制病毒增殖的作用增强治疗效果，预防复发。
