儿童不明原因低烧三大疾病如下：
儿童不明原因低烧比较常见的原因是结核杆菌感染。当结核杆菌感染以后，产生毒素容易刺激体温调节中枢，从而出现反复低烧。建议积极进行胸片、痰涂片以及结核菌素试等检查明确。如果有结核杆菌感染，建议积极在医生的指导下进行抗结核治疗，而且还需要长期规律使用药物。
当儿童发生血液系统疾病时，尤其是急性白血病以及再生障碍性贫血，就容易出现不明原因的低烧，而且低烧时间比较长。大部分儿童可能会伴随出血、贫血等，建议积极进行骨髓检查明确，必要时需尽早进行放化疗，甚至进行骨髓移植等。
当儿童出现不明原因发烧时还需要警惕肿瘤的可能，肿瘤容易释放一些炎症物质，从而出现反复低烧。一般会有包块、消瘦以及反复感染等症状伴随，建议积极进行相关检查明确，必要时尽早进行手术治疗。
