乙肝三对和乙肝两对半的区别是在乙肝两对半项目基础上加上核心抗原项目就是乙肝三对。乙肝三对的项目有：
成人感染乙肝病毒后最早1-2周最迟11-12周，血中首先出现表面抗原。急性自限性乙肝病毒感染时，血中表面抗原大多持续1-6周，最长可达20周。无症状病毒携带或慢性乙肝患者，表面抗原可持续存在多年，甚至终身，表面抗原无传染性，只有抗原性。
表面抗体是一种保护性抗体，在急性感染后期，表面抗原转阴性一段时间开始出现，在6-12个月内逐步上升至高峰，可持续多年，但滴度会逐渐下降，表面抗体阳性，表示对乙肝病毒有免疫力，多见于乙肝恢复期，既往感染及乙肝疫苗接种后。
E抗原，是一种可能性蛋白，一般只见于乙肝表面抗原阳性血清。急性乙肝病毒感染时，E抗原的出现略晚于表面抗原，E抗原的出现提示患者处于高感染低应答期，表面抗原消失后会有E抗体产生，病毒复制多处于静止状态传染性降低。
血液中的核心抗原主要存在于Dane颗粒的核心中，游离的表核心抗原极少，难以检测，肝细胞中的核心抗原主要存在于受感染的肝细胞核内，因此，较少用于临床常规检查，成为了乙肝两对半检查项目。
核心抗体，乙肝病毒感染者几乎均可检出核心抗体，除非是乙肝病毒C基因序列出现极少见的变异或感染者有免疫缺陷而不出现。核心抗体IgM是乙肝病毒感染后焦躁出现的抗体，绝大多数出现在发病第一周，多数在六个月内消失。IgG出现较迟，但可保持多年，甚至终身。
