中枢免疫器官的功能主要有各类血细胞和免疫细胞的生成的场所，并发生相关免疫反应。中枢免疫器官是免疫细胞发生、分化、发育和成熟的场所，主要包括骨髓和胸腺。
骨髓是血细胞和免疫细胞发生和成熟的场所，是机体重要的中枢免疫器官，在骨髓中存在各种淋巴细胞、单核细胞、红细胞和血小板。其次，骨髓是B细胞分化成熟的场所，进而参与体液免疫应答的发生。骨髓是人体极为重要的造血器官和免疫器官，当骨髓功能缺陷时，会引起严重的造血功能障碍，并导致细胞免疫和体液免疫功能缺陷；
胸腺是T细胞分化、发育、成熟的场所，并参与外周免疫器官和免疫细胞的调节作用，同时是自身耐受的建立和维持的重要组织器官。当胸腺发育不全或缺失时，容易引起反复发烧、病毒性和真菌性感染，引起相关自身免疫病的出现，甚至死亡。
因此，骨髓和胸腺是重要的中枢免疫器官，通过生成相关的免疫细胞和发挥免疫反应起重要作用，对人体的健康非常重要。当胸腺和骨髓功能障碍时，可以引起疾病的发生。
