肾结石、肾囊肿需要根据肾结石大小、肾囊肿大小、是否有梗阻等制定治疗方案，一般多会选择保守治疗和手术治疗。
对于患有肾结石的患者，如果结石比较小，出现明显的梗阻症状，多可以选择保守的方法治疗，需要患者多喝水，可以口服具有排石作用的药物，促进结石排出。而对于肾结石比较大的患者，甚至已经出现了明显的梗阻者，可以选择经皮肾镜取石，或者是经输尿管镜取石术治疗。
对于患有肾囊肿的患者，如果肾囊肿比较小，没有出现梗阻现象，一般不需要进行特殊处理，定期做B超观察随访即可。而对于肾囊肿超过5cm以上，而且有明显的梗阻现象出现时，建议及时进行手术治疗，一般多会选择腹腔镜手术。
肾结石伴有肾囊肿的患者，如果囊肿比较小，结石体积比较大，需要先处理肾结石，一般多会选择经体外冲击波碎石、微创手术取石等，清除体内的结石。
对于肾囊肿比较大的患者，需要先治疗肾囊肿，处理完以后，再择机进行肾结石处理，或者是定期观察肾结石即可。
