男性HPV阳性自愈的时间是不能确定的，需要根据不同的疾病情况进行分析。不过也有部分患者是无法自愈的，需要接受正规的治疗。
如果感染HPV的情况不太严重，而且自身的免疫系统对HPV有着一定的免疫能力，那么一般在几个月之内就可以自愈。比如寻常疣、扁平疣等都是可以在数个月以内自愈的，一般也不需要用药治疗。
如果HPV感染的情况比较严重，而且自身的免疫系统不能完全阻止HPV病毒的繁殖、生长，那么就可能需要几年的时间才能自愈，比如尖锐湿疣等。这种情况一般可使用药物治疗促进其恢复，比如阿昔洛韦分散片、更昔洛韦片等药物，具体的用药方式需要遵循医嘱。
如果患处已经发生了严重的病变，并且数年的时间也没有好转的迹象，那么就要及时接受正规的治疗了，患者可以根据病情的严重程度选择手术治疗或者药物治疗。一般需要使用干扰素、氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗，或者通过冷冻治疗、激光治疗等外科手术的方式进行治疗。
