新生儿肛周脓肿一般情况下是不难治疗的，但是部分严重的肛周脓肿或者有基础疾病的情况下，比较难治疗。
- 新生儿肛周脓肿主要与新生儿免疫功能低下，局部细菌感染有关。一般积极进行有效抗感染治疗以后，大部分不难治疗，比如选择头孢类或者加酶抗生素进行治疗，大部分预后相对比较好。部分新生儿肛周脓肿比较严重的，还需要尽早进行手术治疗，比如脓肿切开引流术等。
- 部分新生儿肛周脓肿非常严重，容易出现败血症、感染性休克以及化脓性脑膜炎等，相对比较难治疗，而且容易出现并发症以及留下后遗症。部分新生儿肛周脓肿可能与新生儿患有免疫缺陷性疾病有关，也是比较难治疗的，容易出现重症感染以及反复感染，甚至出现危及生命的情况。
新生儿肛周脓肿需要加强护理，保持局部清洁卫生以及干燥，尽量避免穿过紧的尿不湿，而且需要及时更换尿不湿，尤其是每次大便以后，避免大便中的致病菌感染局部，以防病情加重。注意观察病情，加强营养摄入，有助于感染被控制。
