肛门流水很臭，可能存在肛裂、肛周脓肿、肛瘘、肛窦炎、溃疡性结肠炎、肠癌等病情。
由于肛管黏膜撕裂损伤，导致肛裂病变发生。如果患者不积极治疗，肛裂伤口区域可能出现慢性炎症，有脓性分泌物，可出现臭味液体。
由于细菌侵袭肛旁组织，导致脓肿病变形成。常见致病菌为大肠埃希菌，如果脓肿发生破溃，内部脓液流出，就会出现臭味液体。并且，受病变影响，患者多出现高热、寒战等症状。
病变基础在于瘘管形成，在肛管、肠管与肛旁组织之间，形成瘘管。粪便进入瘘管后，细菌不断繁殖，也会导致局部脓肿病变形成，脓液沿着肛瘘内口，可从肛门部位流出，有腥臭气味。脓液也可能沿着肛瘘外口流出，从而出现肛门流水还很臭的症状。
见于病情严重的患者，局部形成感染病灶，脓性分泌物可伴随粪便排出，有臭味液体流出。
见于病变急性期患者，由于肠壁黏膜水肿、渗出，伴随细菌不断繁殖，从而导致腥臭液体流出。
病变中晚期患者，肿瘤病变缺血坏死，发生局部组织溃烂，特别是位置较低的肿瘤病变患者，可出现肛门流水，还很臭症状。
