胃肠肛门外科一般指胃肠外科和肛肠科两个科室，主要负责诊断、治疗上述组织脏器的病变情况。
主要针对食管、胃部、小肠、大肠病变患者的治疗，特别是需要手术治疗的患者。常见病变情况包括：食道癌、胃癌、胃溃疡（穿孔）、十二指肠溃疡（穿孔）、胃息肉、肠梗阻、肠粘连、阑尾炎、阑尾癌、结肠癌、直肠癌、肠息肉、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。一般情况下，患者会先去消化内科就诊，明确具体情况并积极治疗，当患者达到手术指证后，会转入胃肠外科，进行后期的手术治疗。病变部位、病变性质不同，手术方案也不同。
主要负责痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、肛窦炎、肛乳头肥大等肛肠科病变的诊断和治疗。轻症患者以药物保守治疗为主，重症患者需要积极手术治疗，从而治愈病变。
