女性尿道口两侧骨头处疼痛主要考虑是下段输尿管结石、盆腔炎症、盆腔淤血综合征、前庭大腺炎、骶髂关节炎等，需要根据患者病史结合相关辅助检查明确诊断，现将以上疾病总结如下：
当结石卡在输尿管狭窄段时，容易引起会阴区放射性疼痛，导致尿道口两侧骨头支配的神经牵涉性疼痛，需要行尿常规、泌尿系彩超、CT及静脉尿路造影（IVU）检查以排除是否有下段输尿管结石的可能。
是指女性盆腔生殖器官、子宫周围的结缔组织及盆腔腹膜的炎症，其症状是下腹放射性疼痛，易引起女性尿道口两侧骨头处疼痛，同时该病还伴有发热、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重，需要行妇科检查已明确诊断。
表现为腰骶部疼痛及小腹坠痛，向下肢放射，容易出现女性尿道口两侧骨头处疼痛，另外，该病久站及劳累后容易疼痛加重。
前庭大腺位于两侧大阴唇后部，腺管开口于小阴唇内侧靠近处女膜处，因解剖部位的特点，病原体容易侵入而引起炎症，可以造成女性尿道口两侧骨头处疼痛的症状。
骶髂关节有广泛的神经支配，因此在临床上表现为多种疼痛形式，如下腰痛、臀区疼痛、大腿近端疼痛及腹股沟区疼痛（女性尿道口两侧骨头处疼痛），需行骶髂关节X片检查以明确诊断。
