电子肛门镜和直肠镜有很多区别，具体包括以下几个方面：
电子肛门镜检查范围相对较小，一般只能检查肛门及直肠下段部位。
肠镜检查的检查范围就相对较大，一般可以检查升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠、直肠、肛门等部位，对于部分盲肠部位也可以进行检查。
这个也是电子肛门镜和肠镜的最大区别，所以，检查前需要根据检查部位的不同选择不同的检查办法。
进行电子肛门镜检查之前，只需要排空大便就可以。
肠镜检查前不仅需要排空大便，还需要使用泻药把肠内容物排空，这样才能增加检查的准确率。
由于电子肛门镜只是在肛门及下段直肠内操作，所以，患者疼痛感比较小、容易取得患者配合。
肠镜由于进入肠管比较深，所以，会刺激患者出现腹痛等症状，患者清醒状态很难完全配合。
由于电子肛门镜疼痛不明显，所以，患者可以较好的配合。
由于肠镜进入肠道较深，所以对于身体刺激比较大，此时，就需要在患者全麻状态下，才能进行检查。
电子肛门镜和肠镜具有不同的优势，所以，需要根据患者的具体病情选择最合适的检查办法，如果检查发现局部有病变而不能确定病变性质时，还可以通过病理组织活检的办法来明确病变的性质，然后再根据病情的严重程度，选择药物治疗或者手术治疗。
