首先需要注意的是，患者自己不能指检，而应该由肛肠科医生进行指检肛门，一般能伸到直肠下段6cm以内的范围。
当患者出现肛周或者肛门不适时，需要考虑肛门相关疾病，此时不建议自行指检，而需要前往肛肠科就诊和进行查体、辅助检查；查体时候主要选择指检，通过指检可以触摸到直肠下段6cm以内的范围，这个主要是根据医生的手指长度进行决定的，通过肛门指检就可以判断肛门及直肠有没有出血、有没有占位、有没有痔疮、有没有局部狭窄、有没有肛门松弛等情况的出现。
另外，还可以通过指检来判断肛周有没有水肿、有没有炎症、有没有肛瘘等疾病的出现，所以，通过指检可以发现肛门及直肠下段6cm以内有没有病变，如果局部触摸到异物，就需要初步考虑为痔疮或者肿瘤的可能；如果触摸到肛周有疼痛感或者有瘘口，需要初步考虑肛瘘可能；如果肛周局部有波动感还需要初步考虑肛周脓肿可能；如果手指退出后发现手指尖端有血液存在，此时就需要初步考虑是直肠炎症、痔疮或者肿瘤等可能。
由于肛门指检属于初步诊断，当检查发现肛门局部有异常病变出现，就需要进一步选择彩超、肠镜、病理组织活检等办法，来确定具体病变类型。如果检查确定是痔疮就需要给予药物或者痔疮切除手术治疗，术后再给予抗生素消炎、定期换药等治疗；如果检查发现直肠肿瘤就需要尽快给予切除、消炎、病理组织活检、化疗等办法治疗；如果检查发现是肛周脓肿就需要给予手术和抗生素消炎治疗。
