甲癣需要采取包括外用药物、口服药物、激光治疗、光动力治疗、手术治疗等各种措施在内的综合治疗才能去根。具体治疗措施需根据甲癣的严重程度，个体化选择。
常用药物如联苯苄唑乳膏、特比萘芬软膏等，都可以用来治疗甲癣。在外涂这些抗真菌药物之前，可以先使用热水泡脚，软化表面的角质层，有利于药物发挥作用。
多个指甲同时受累时，可以考虑口服伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等抗真菌药物治疗。
使用激光治疗，可通过激光产生的特殊能量抑制病原菌增殖，减轻炎症反应，促进指甲修复。
先在指甲上涂抹光敏剂，再使用特定的红光进行照射，促使局部产生氧自由基，杀灭病原菌，起到治疗甲癣的作用。
部分特殊类型的甲癣，一般都是要拔除患甲，比如黄斑条纹甲、甲癣合并嵌甲等。
外用或口服抗真菌药物治疗时需要按疗程进行，一般为8-12周；多数患者需要联合2-3种措施进行治疗。
