胃镜下切除间质瘤一般指切除胃间质瘤，小的病灶、核分裂象低的病灶一般都可以切干净，大的病灶、核分裂象高的病灶有可能切不干净。
胃间质瘤是一种兼具良性特性和恶性特性的肿瘤，小的胃间质瘤一般都是良性病变，大的胃间质瘤一般都具有恶性倾向，或者已经发展为恶性病变。
胃镜下切除手术只适合于良性肿瘤或者恶性肿瘤早期，所以如果是体积比较小，直径没有超过2.0cm，而且核分裂象比较小，没有超过5个/50HPF的胃间质瘤，可以在胃镜下进行切除手术，术后一般都能彻底切除干净。
如果胃间质瘤的体积已经超过了2.0cm，并且间质瘤的核分裂象比较高，超过5个/50HPF，或者肿瘤体积不超过2.0cm，但核分裂象在6-10个/50HPF及以上时，做胃镜下黏膜剥离术有可能彻底切不干净，导致病灶残留，术后复发的几率增高，这种情况一般都不建议做胃镜下手术。
另外，不论采取哪一种方法进行胃间质瘤切除，术后都有可能复发，所以术后需要定期复查。
