贲门癌的转移部位与转移途径有关，转移途径主要包括血行转移、淋巴转移、局部浸润转移、种植转移，具体转移部位及可能引起的临床症状如下：
比较常见的转移部位为肝脏、骨骼，也有可能转移到肺。贲门癌转移到肝脏时，引起肝区胀痛、厌食、恶心、黄疸等症状；贲门癌转移到骨骼时，引起病理性骨折、转移部位出现疼痛症状；贲门癌转移到肺时，引起咳嗽、咯血、胸痛等表现。
贲门癌通过淋巴转移，主要转移到胃、食管周围的淋巴结，导致淋巴结肿大；肿大的淋巴结压迫气管引起呼吸困难，压迫喉返神经引起声音嘶哑，压迫膈肌则引起膈肌运动功能障碍，患者会出现频繁打嗝的现象。
癌细胞侵犯食管、气管，引起食管－气管瘘，进食时，会出现呛咳的症状；癌细胞侵犯主动脉，导致血管壁穿孔，引起大出血；细胞侵犯胰腺，引起胰腺肿瘤，出现上腹部剧烈疼痛，向腰背部放射。
贲门癌癌细胞脱落种植到腹腔内，引起腹腔内癌性病灶，导致大量腹水形成。
