喉咙长泡泡，可能是因为疱疹性咽峡炎、急性咽喉炎、手足口病等疾病引起，不同的疾病诱发的病毒不同。
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起，例如柯萨奇病毒A型、肠道病毒71型病毒，该病毒通过口腔种植在上呼吸道黏膜，导致局部出现炎症反应，从而引起喉咙长泡泡，还伴有喉咙疼痛等症状。一般要给予抗病毒类的药物治疗，例如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等，药物具有抑制病毒的作用。
急性咽喉炎是因为咽喉黏膜出现炎症反应，是因为病毒在局部大量繁殖引起，常见的病毒有柯萨奇病毒、腺病毒等，发病时导致局部的黏膜水肿、充血，淋巴滤泡肿胀增生，从而出现喉咙长泡泡。一般要给予抗病毒类的药物治疗，例如阿昔洛韦；也可给予雾化吸入治疗，例如吸入布地奈德混悬液，药物能减轻局部的肿胀，改善咽喉不适。
手足口病是由肠道病毒感染引起的传染性疾病，多数是由肠道病毒A组71型、柯萨奇病毒A组16型病毒引起，疾病不仅会引起喉咙长泡泡，还会导致手、足、臀部出现疱疹。一般要针对症状治疗，需要做好隔离措施，做好口腔的护理措施，早晚可以使用生理盐水漱口；发热时则需要给予退热药物，例如布洛芬、对乙酰氨基酚等；喉咙部位疼痛时，可给予含漱液，例如复方硼砂溶液，药物具有清洁口腔的作用，能抑制病毒在口腔内大量繁殖。
