肾脓肿的治疗方法为药物治疗以及穿刺、手术治疗。
对于患有肾脓肿的患者，如果脓肿在5cm以下，患者无明显不适症状出现时，可以选择药物保守治疗，一般多会选择敏感有效的抗生素，比如：头孢类、甲硝唑、替硝唑等，必要时还需要联合两种抗生素进行治疗，将脓肿控制、消灭在早期阶段。
经过抗生素治疗后，对于作用效果不明显者，或者是脓肿的范围比较大，建议放置输尿管支架管引流，也可以进行肾脏穿刺造瘘，留置引流管，进行持续性引流。必要时也可以进行开放性手术，进行脓肿的清理等，必要时需要把脓液送检进行培养，选择敏感的抗生素治疗。
对于患有肾脓肿的患者，除了上述方法治疗外，还需要日常生活方面的干预，比如：多注意休息、避免过度劳累、避免吸烟及喝酒、保持清淡饮食等。
