黑痣疼痛的原因主要包括黑痣恶变、外伤、感染、蚊虫叮咬、毛刺刺入等。
黑痣是黑色素细胞异常聚集引起的一种良性肿瘤，是一种具有恶变倾向的病变。良性的黑痣没有疼痛和瘙痒等自觉症状，一旦黑痣出现疼痛症状，并且持续存在或反复发生，一般都需要警惕黑痣发生了恶变，形成黑色素瘤的可能。
因挠抓或者摩擦等各种外力作用，导致黑痣表面出现损伤、破溃等现象时，会导致黑痣疼痛。
黑痣表面的皮肤发生轻微损伤后，被金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等病原菌侵入表皮内，引发化脓性感染，会引起黑痣疼痛症状，同时伴有黑痣肿胀、脓性分泌物流出等症状。
黑痣表面被蚊虫叮咬后，因蚊虫毒素及口器刺激，导致黑痣发生无菌性炎症反应，出现局部疼痛症状，可能伴有瘙痒和肿胀现象。
黑痣内刺入仙人掌等植物的毛刺，如果没有及时取出，会因为毛刺刺入而引起疼痛感，在碰触时疼痛症状加重。
