做飞秒激光近视手术也有可能出现后遗症，例如术后感染、手术过矫或者欠矫、角膜屈光回退、眼睛干燥、眩光等后遗症。
飞秒激光近视手术主要是在眼内进行操作，属于有创操作，如果手术后护理不当，可能会导致病菌入侵，进而会发生术后感染，导致眼睛疼痛、红肿等症状。如果出现术后感染，需要给予抗生素类的药物治疗，比如头孢克肟、阿莫西林等药物，具有消炎效果。
飞秒激光是一种以最短脉冲形式运行的红外激光，通过激光的方式对角膜进行切削，可以改变屈光状态，达到矫正近视的效果，但如果手术操作不当，可能会出现过矫或者欠矫。如果手术后出现过矫或者欠矫，需要给予功能锻炼，有助于恢复，对于不能恢复的患者，也可以选择二次手术。
角膜屈光回退是指飞秒激光近视手术后一段时间，又出现了近视度数，有可能是手术后一年或几年之后出现，角膜屈光回退的度数相对较小，表现为视物不清等症状。如果出现角膜屈光回退，可以配戴框架眼镜，但对于角膜回退较为严重的患者，也可以选择二次飞秒激光治疗。
飞秒激光属于有创手术，术后会出现角膜红肿，所以术后近期出现眼睛干燥等症状。如果出现眼睛干燥，可以给予人工泪液治疗，能增加眼睛的湿度。
部分患者在做完飞秒激光近视手术后，可能会出现眩目感，是因为手术的过程当中会对角膜进行切削，切削的位置偏移，可能会导致激光切削边缘落在瞳孔区，表现为眩光。如果出现眩光，需要及时就诊，必要时要再次进行手术处理。
