唇腭裂属于先天性疾病，致病因素较多，可能的因素有：遗传因素、营养缺乏、内分泌因素、药物因素、物理因素、感染和损伤、烟酒因素等。
直系亲属中如果有唇腭裂者，那么其后代的发生概率比亲属中无唇腭裂畸形者高，唇腭裂与遗传有一定关系。
胚胎生长发育过程中，怀孕前3个月尤其重要，如果发生干扰或侵袭时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。母体维生素缺乏，特别是叶酸、维生素A、维生素B与唇腭裂关系较大。
母体出现忧虑、急躁、恐惧等不良情绪或精神创伤时可能发生应激反应，导致体内肾上腺皮质激素分泌增加，从而诱发先天畸形。
抗肿瘤、抗惊厥、抗组胺药物等都可能增加唇腭裂畸形发生的风险。
如果在胚胎早期，孕妇频繁接触放射线、微波等会增加唇腭裂畸形发生的风险。
母体孕初期如果遭受某种损伤，特别是不正规的人工流产，都可能影响胚胎发育。
妊娠早期如果孕妇大量吸烟、饮酒，其子女发生唇腭裂的风险比无烟酒嗜好的妇女要高。
