做纤维鼻咽镜检查可能会出现轻微的痛苦感。
进行纤维鼻咽镜检查前医生会常规往患者鼻腔内喷入丁卡因等麻醉制剂，可以起到一定的局部麻醉功效，有助于降低鼻部神经的敏感度，从而可以减轻患者的痛苦感。另外还会使用减充血剂使鼻腔黏膜以及血管收缩，从而会使得鼻腔空间变得相对宽敞，这样有利于鼻咽镜管在鼻腔内运行，以降低鼻咽镜管对鼻黏膜及鼻部敏感神经的刺激。
对于鼻腔较为狭窄的患者而言，鼻咽镜检查过程中会难以避免的刺激到鼻黏膜或敏感神经，引发鼻痒、鼻塞、鼻部异物感等临床症状。尤其鼻咽镜检查过程中如果发现了可疑的癌变病灶，医生会通过鼻咽镜来钳取病灶组织进一步进行病理组织学检查。钳取病灶组织会导致鼻黏膜受损，从而可能会引发轻微的疼痛感，但这种疼痛感多数患者是可以耐受的。
纤维鼻咽镜整个检查过程中所需要的时间并不是很长，建议患者保持情绪稳定，积极配合医生操作。对于自制能力不强的儿童或神经敏感度较高的患者而言，必要时可以在纤维鼻咽镜检查前进行心理疏导工作。
