导致尿道胀痛的原因比较多，常见的因素为感染性因素、尿路梗阻性因素，但部分患者出现尿道胀痛可能和瑞特综合征有关，或者与性生活有关。
感染是引起尿道胀痛最常见的原因，例如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、阴道炎、肾盂肾炎以及泌尿系结核，均有可能会导致尿道胀痛。当发生感染性疾病时，炎症会对膀胱以及尿道黏膜造成刺激，从而使膀胱和尿道产生痉挛性的收缩，引起尿道胀痛。
常见的尿路梗阻性因素包括尿道结石、膀胱结石、肾结石、尿道异物、膀胱异物、膀胱肿瘤、尿道肿瘤等。受到此类因素影响时，可导致排尿时压力增加，由于肌肉发生痉挛性的收缩，因此可引起尿道胀痛。尿路梗阻者如果发生感染，还有可能会导致尿道胀痛更加严重。
瑞特综合征又可称为莱特尔综合征，是一种伴有泌尿生殖系统、皮肤黏膜和眼部隐性病变的反应性关节炎，当发生瑞特综合征时，不仅会引起尿道胀痛，通常还会伴随尿频、尿急，尿痛严重者还有可能会产生血尿以及脓尿症状。但患者在进行细菌培养时，通常无细菌生长。
对于尿道胀痛比较严重者，可先在医生指导下给予非甾体止痛类的药物缓解疼痛，同时应及时明确病因，针对原发疾病进行治疗。
特别是女性发生尿道胀痛，需考虑是性交时由于动作过于粗暴导致尿道受损，所以会出现尿道胀痛的症状。
