任何治疗都需要花费许多的时间和精力，金钱的损失也必不可少。在这种情况下，先心病最好的治疗第一步是预防。
首先，在怀孕早期（3 个月之前）尽量别在电脑前、微波炉等磁场强的地方坐太长时间，因这时的胎儿还不稳定，各个器官还正在成形阶段，很可能造成孩子先天性心脏病。
其次，应注意母亲妊娠期，特别是在妊娠早期保健，如积极预防风疹、流行性感冒、腮腺炎等病毒感染。避免接触放射性的一些有害物质，在医生指导下用药。注意膳食合理，避免营养缺乏。
最后，先心病治疗的外科手术方法主要根据心脏畸形的种类和病理生理改变的程度等综合因素来确定，手术方法可分为三种。
第一，根治手术可以使患者的心脏解剖回到正常人的结构；
第二，姑息手术仅能起到改善症状的作用而不能起到根治效果，主要用于目前尚无根治方法的复杂先心病，或者作为一种预备手术为根治手术创造条件；
第三，心脏移植主要用于终末性心脏病及无法用目前的手术方法治疗的复杂先心病。