对于进行肥厚型心肌病手术者，术后可能会出现猝死、房室传导阻滞、室间隔穿孔等。手术切除增厚的心肌组织，是治疗肥厚型心肌病的常用方式。患者有可能突然发生恶性心律失常、心源性休克等情况，从而出现猝死。患者发病前，往往无任何征兆，突发死亡。虽然猝死很危急，但其发生几率较小。
房室传导阻滞的发生，主要是由于术中损伤了房室结、窦房结等心脏的传导系统所造成的。这种并发症则比较常见。
另外，肥厚型心肌病患者术后还会出现室间隔穿孔，这主要是由于术中切除的心肌组织过多造成的。
