慢性肾小球肾炎抗生素的选择，可以结合患者的肾功能损害程度和病情来考虑。
如果是没有肾功能损害的情况时，没有太严格的禁忌，但是尽量不用氨基甙类和喹诺酮类及非甾体类抗炎药物如庆大霉素、链霉素、卡那霉素或丁胺卡那霉素，左氧氟沙星、环丙沙星、保泰松、布洛芬等。也不要使用抗肿瘤、抗真菌和有毒性的中药类制剂等。
尽量选择对肾脏没有损害或不良反应小的青霉素类、头孢唑林钠、头孢他啶等，也尽量短期用药，一旦病情好转后及时停用抗生素，减少对肾脏功能的损害风险，也要遵医嘱用药。
