脑炎的预后主要取决于引起脑炎的具体病因以及患者病情的轻重。多数脑炎是由病毒感染导致的，需要使用抗病毒药物进行治疗，同时酌情使用激素控制炎症以及减轻水肿，解热、降颅压等对症治疗。通过规范系统的治疗，多数患者可以被治好。另外，如果是细菌感染导致的，可以使用抗生素。而如果患者感染的情况较重，没有及时的接受抗感染治疗，病情急速进展，可能造成脑损伤，很容易导致患者死亡，还可能遗留不同的后遗症，常见的有瘫痪以及智能减退等。
