巧克力囊肿的病因分为以下三种：
1、子宫内膜种植学说。子宫内膜种植学说包括经血逆流和淋巴及静脉播散，经血逆流是月经期间脱落的子宫内膜，会随着经血逆流，经过输卵管进入腹腔，最后种植在卵巢。淋巴及静脉播散是子宫内膜通过淋巴和静脉向远处播散，然后种植在卵巢。
2、遗传因素。巧克力囊肿有家族聚集性，所以巧克力囊肿有一定的遗传几率。
3、生殖道发育异常。下生殖道如果出现梗阻，会导致月经正常流出，经血会逆流向上，从而诱发巧克力囊肿。
