巧克力囊肿是否严重，需要看巧克力囊肿的大小，以及有没有宫腔炎症、粘连、或者是水肿等。如果小于1-2cm的巧克力囊肿，并且没有炎症、粘连、水肿等，就说明不严重；如果巧克力囊肿大于2cm，或者有炎症、水肿、粘连等，就说明严重，有可能引起不孕的发生，多数有慢性盆腔痛。超过2cm的巧克力囊肿，或者是长期性生活不能怀孕，并且排除其他因素引起的不孕，就需要进行手术对巧克力囊肿切除，目前临床上主要使用腹腔镜手术，切除以后还需要定期复查，看是否复发。
